Meeslepende film in schitterend zwart-wit over twee ontdekkingsreizigers die in het Amazonegebied op zoek gaan naar de bijzondere, geneeskrachtige plant ‘yakruna’. De ene, Theo, maakt de tocht in 1909. De andere, Evan, volgt zijn spoor dertig jaar later. Beiden worden vergezeld door dezelfde inheemse sjamaan Karamakate. Hun reizen over de meanderende rivier zijn door regisseur Guerra mooi vervlochten tot een geheel van beelden, belevenissen en associaties.
Guerra baseerde zijn film op de boeken van de Duitse ontdekkingsreiziger Theodor Koch-Grünberg, die in de jaren tien en twintig van de vorige eeuw door Zuid-Amerika reisde, en op de reisverslagen van de Amerikaanse bioloog Richard Evans Schultes. In de film wordt de op Koch-Grünberg gebaseerde doodzieke Duitse reiziger Theo door zijn gids Manduca naar de eenzame sjamaan Karamakate gebracht, die zich ergens aan de Amazonerivier in het Zuid-Amerikaanse oerwoud bevindt. De sjamaan is de enige die Theo zou kunnen genezen, en wel door hem yakruna toe te dienen. Gedrieën gaan ze op zoek naar deze zeldzame plant en naar de leden van de stam waartoe de sjamaan behoort.
Dertig jaar later is de situatie niet veel beter, misschien zelfs slechter. De alleen reizende Evan komt in contact met de oude Karamakate, die zijn herinneringen en vaardigheden verloren lijkt te hebben. Hij koestert de oude rotsschilderingen van zijn stam, maar ze zeggen hem niets meer. Hij zegt zich te laten leiden door Evan, die zijn kano volgeladen heeft met koffers. Evans kostbaarste bezit is een koffergrammofoon, waarmee hij een plaat (‘Die Schöpfung’ van Haydn) kan beluisteren.
Het oerwoud en de verhalen die worden verteld bevatten verwijzingen naar de gewelddadigheden die blanken hebben begaan in hun zucht naar rubber en andere natuurschatten. De missiepost die Theo en zijn metgezellen bezoeken wordt bewoond door een aantal weeskinderen en een pater die een van de kinderen ‘s nachts slaat. Dertig jaar later is diezelfde missiepost het domein geworden van een groep die er onder leiding van een zelfverklaarde messias een gruwelijke mix van inheemse en katholieke rituelen op na houdt. Evan en Karamakate weten net op tijd weg te komen van dit waarlijke ‘Heart of Darkness’.
Zo zit de film vol met bespiegelingen over het effect van kolonisatie, het bewaren van een verdwijnende cultuur en het rouwen om een verloren cultuur. Ook de rol van wijsheid en wetenschap komen aan bod: Welke bedoelingen heeft de westerse wetenschapper? Zal hij niet gewoon kennis en schatten aan het oerwoud onttrekken voor zijn eigen gewin? En wat is de wijsheid van de sjamaan waard in de veranderde wereld?